După intrarea României în cel de-al doilea război mondial, sub comanda lui Ion Antonescu, care a dat celebrul ordin: Ostași, vă ordon, treceți Prutul!, Basarabia s-a întors în componența statului român timp de încă trei ani. În decursul acestor trei ani însă, ținutul este administrat militar, iar populațiile suspectate de a fi colaborat cu puterea sovietică (precum și țiganii și evreii, indiferent de atitudinea lor) sunt supuse la rândul lor la jafuri, asasinate și deportări în Transnistria. Armata română împreună cu cea germană au comis crime pe teritoriul Basarabiei și au organizat lagăre de concentrare pentru exterminarea evreilor și țiganilor din România. Statul român antonescian a folosit același principiu ca și sovieticii: scopul scuză mijloacele, principiu conform căruia erau necesare atât crimele împotriva populațiilor civile, cât și trimiterea Armatei române la măcel până la Stalingrad. Pentru aceste fapte Ion Antonescu a fost judecat de Tribunalul Poporului din București, declarat "Criminal de Război", condamnat la moarte și executat la Penitenciarul Jilava în 1946.În martie 1944 armata sovietică revine în teritoriile siuate la nord-est de o linie Tighina-Chișinău-Iași, iar la 23 august 1944, după trecerea României de partea Aliaților, reocupă Basarabia în întregime. Acțiunile de teroare întreprinse de comuniști, ajutați de armata sovietică și susținuți de NKVD, împotriva populației civile în 1940, s-au repetat atât în momentul retragerii armatei sovietice din iunie 1941, cât și, mult mai intens, după revenirea acesteia în 1944. O bună parte din aceste acțiuni ținteau și « stârpirea urmelor imperialismului român burghezo-moșieresc », adică eliminarea sentimentului românesc printre basarabeni și înlocuirea lui, pentru cei de limba română, prin identitatea « moldovenească sovietică », o ideologie etno-politică nouă, care nu mai era compatibilă cu românismul, cum fusese până în 28 februarie 1938 (inclusiv în RASSM din URSS).După 1944, organizarea teritorială a rămas cea făcută de Stalin după anexarea din 1940, când Basarabia a fost ruptă în trei părți. Sovietizarea din nou a Basarabiei, Bucovinei și Ținutului Herței s-a manifestat timp de 50 de ani și printr-o o campanie de distrugere a culturii și memoriei băștinașilor prin deportări masive, interzicerea alfabetului latin, desființarea bisericilor, demolarea monumentelor istorice, rusificarea denumirilor de localități, teroare și asasinate. Dacă în 1940 au fost deportați zeci de mii de români basarabeni, deportările și exterminările în masă după 1944 s-au ridicat la peste 120.000 de localnici, în mare parte români moldoveni